В связи со сложной организационной структурой сети координировать работу входящих в нее предприятий достаточно сложно, так как в интеграционный процесс вовлечено достаточно большое число участников с различными экономическими и иными интересами. Вследствие этого экономическая деятельность участников может оказаться связанной с необходимостью принимать оптимальные решения в условиях конфликтов (возникающих, например, на стадии распределения ресурсов). Стремление участников сетевой структуры скрыть свои предстоящие экономические действия может порождать неопределенность. Принятием оптимальных решений в условиях неопределенности и конфликта интересов занимается теория игр. Поведение каждого участника сетевой структур является целенаправленным и эффективным, поэтому с помощью задач, применяемых в теории игр, можно определить состояние равновесия или компромисс, который в наибольшей степени устраивал бы всех участников сети. Достижение компромисса в сети предполагает гибкость подхода к решению задач и необходимость не только рыночной координации действий участников, но и корректировки их стратегических приоритетов. Значительную роль для устойчивого функционирования сети играет эффект, который возникает от интеграции предприятий (синергический эффект). Успех от взаимодействия предприятий во многом определяется тем, насколько взаимоувязаны в сети механизмы наращивания и распределения эффекта интеграции, поскольку важным является не только экономическая целесообразность объединения предприятий, но и создание наиболее благоприятных условий для каждого из участников. В то же время выполнение необходимого и достаточного условий существенно зависит от структуры сети, характеризуемой набором индикаторов. Поэтому для анализа стратегического взаимодействия предприятий может быть использован системный подход, с точки зрения которого следует рассматривать взаимодействия предприятий как некоторый процесс, результат которого зависит как деятельности субъектов (экономических агентов), определяющих внутреннюю среду сетевого образования, так и от условий внешней среды.